Sulla vita privata del 37enne aleggiava un alone di mistero, tant'è che negli anni sono stati diversi i rumors in merito alla sua situazione sentimentale. C'è chi ipotizzava un flirt con Marco Carta, anche lui concorrente, e vincitore, di Amici 7 nonché vincitore della cinquantanovesima edizione del Festival di Sanremo. Oppure, come testimoniato dal portale Il Corriere della Città, si presumeva che Francesco fosse eterosessuale:
Della vita privata di Francesco Mariottini, si sa ben poco. Al momento, si dice sia sposato con una donna e abbia un figlio, ma sono tutti rumors provenienti da persone che dicono di conoscerlo. Di sicuro, ai tempi di concorrente ad Amici, fu fidanzato con la ballerina Alessandra Tognolini, con cui addirittura andò a convivere per un anno e mezzo.
A smentire qualsivoglia indiscrezione sulla sua vita sentimentale ci ha pensato il diretto interessato. Francesco, attraverso un post pubblicato su Facebook, ha presentato ufficialmente il suo compagno, il fotografo Chris Philippo, con il quale è legato da sei anni. In occasione del compleanno di Chris, l'ex allievo di Amici gli ha dedicato un romantico messaggio definendolo la sua "persona speciale".
Alla persona che è stata al mio fianco negli ultimi 6 anni. Alle avventure e alle esperienze di vita che abbiamo condiviso. Al miglior fotografo che abbia mai incontrato in vita mia, che cattura le anime con la sua macchina fotografica anziché le persone. All’amico, all’amante, al fratello e all’anima che giorno per giorno rende la mia vita migliore. Buon compleanno alla mia persona speciale. Brindiamo ad altri mille anni percorrendo il cammino insieme.