Nelle puntate ora in onda di Il segreto, i protagonisti Tristàn (Alex Gadea) e Pepa (Megan Montaner) si sono sposati da poco. Ma nelle puntate che andranno in onda tra agosto e settembre, Pepa abbandonerà la serie e la fiction verrà stravolta in seguito alla sua morte. Nella seconda stagione, infatti, ci sarà un salto in avanti di ben 16 anni e Nuovo ha alcuni scatti esclusivi delle immagini. Tristàn apparirà molto invecchiato, provato dalla perdita del suo amore. Hipolito (interpretato da Selu Nieto) avrà un aspetto più adulto, ma rimarrà buffo, mentre il piccolo Martin tornerà nel paesino di Puente Viejo in abiti sacerdotali. Pepa morirà di parto, dopo aver dato alla luce la figlia Aurora (Ariadna Gaya) e Tristàn non troverà pace e farà crescere la figlia in collegio. Ad un certo punto avverrà l'atteso incontro tra padre e figlia, ma sarà un percorso a ostacoli. Prima che Aurora arrivi al paese, infatti, ci sarà un'altra donna che la gente scambierà per lei. In realtà si tratta di Giacinta, una compagna di stanza di Aurora, che le ruba l'identità e fa di tutto per tenerla lontana dal padre. Ma per Tristàn le sorprese non finiscono qui: al paese torna anche il figlio adottivo Martin, nato da Pepa e dalla sua precedente relazione con Carlos Castro, che tutti credevano morto. Tristàn lo troverà a pregare sulla tomba di Pepa senza riconoscerlo: lui è diventato un sacerdote, si fa chiamare Gonzalo, vuole scoprire tutto sulla vita della madre e per farlo farà da aiutante al parroco don Anselmo. Martin conoscerà Maria, la figlia della defunta Emilia, s'innamorerà di lei e dovrà scegliere se continuare a fare il prete. Hipolito, invece, è stato mandato dai genitori (il sindaco Pedro e sua moglie Dolores) a studiare fuori per intraprendere la carriera politica, ma senza risultati. Ora ha oltre 30 anni e i genitori gli cercano moglie. Peccato che lui non abbia intenzione di accasarsi e il tutto avrà dei risvolti comici, finché non farà un incontro che potrebbe fargli trovare la donna giusta. Infine, una terribile epidemia metterà in pericolo la vita di molti personaggi...